明治維新以降、政府の殖産興業政策を背景に近代的な製造技術が導入され、工場周辺のばい煙、悪臭被害、鉱山や精錬所の周辺でも排水や排ガスによる被害が生じるようになりました。

1878年（明治11）には足尾銅山の開発で発生した鉱山廃水による渡良瀬川の汚染問題が、1922年（大正11）には神通川流域で農作物の被害、カドミウムによるイタイイタイ病が発生しました。

しかし、当時は個別の問題としてのみの対応で、実際に被害の発生し、被害者の強い訴えがあって初めてなされるという「後追い的」なものにとどまり、その状態は法制度の枠組みを作られる1950年代（昭和30年代）まで続きます。

公共用水域の水質保全に関する法律には、旧漁業法（1910年：明治43）、港則法（1948年：昭和23）、鉱山保安法（1949年：昭和24）、漁港法（1950年：昭和25）、港湾法（1950年：昭和25）などがあり、それぞれ個別に規制されていました。