1960年代後半になると、四大公害（熊本水俣病、新潟水俣病、イタイイタイ病、四日市喘息）に代表される公害問題が深刻さを増しました。そこで、従来の個別対応ではなく総合的な枠組みが強く求められ、1968年（昭和43）に●公害対策基本法が制定されました。

この法律は２年後の1970年第64回臨時国会（通称：公害国会）で改正され、前述の調和条項を削除し、「生活を犠牲にしてまで経済発展を求めない」という方針が明確になりました。

本国会では、その名の通り、公害関係の14法案が可決・成立しました。水質汚濁対策では、水質二法に替わり●水質汚濁防止法が制定され、対象地域が全国一律になり、対象物質も拡大した規制強化が図られました。

また、水質汚濁防止法の特別措置として、1973年（昭和48）に瀬戸内海環境保全特別措置法、1984年（昭和59）に湖沼水質保全特別措置法を制定し、閉鎖性水域の水質保全施策の推進を図ることとなりました。